Uobičajena upotreba antibiotika u stanicama uzgojenima za istraživanja mogla bi narušiti ispitivanja

Tradicionalna hrana koja njeguje - Sally Fallon Morell - Weston A. Price (Srpanj 2019).

Anonim

Kada rastu stanice u laboratoriju, istraživači rutinski dodaju antibiotike kako bi spriječili onečišćenje. No, nova studija istraživača UC San Francisco podigla je crvenu zastavu protiv ove standardne prakse, otkrivajući da može izazvati nenamjerne genetske promjene u stanicama i izobličiti rezultate ispitivanja.

Te promjene mogu biti osobito zabrinjavajuće u farmakogenomicijskim eksperimentima gledajući kako ljudske stanice reagiraju na lijekove, važan dio precizne medicine.

Dr. Nadav Ahituv, profesor biomedicinske medicine u Farmaceutsko-biokemijskom fakultetu i viši autor u radu objavljenom 8. kolovoza 2017. u Znanstvenim izvještajima, nije se pozvao na osporavanje standardnog laboratorijskog protokola. Ali kao što je često slučaj u znanosti, jedno pitanje dovelo je do drugog.

Antibiotici i ekspresije gena, Gene Regulation

Jedno područje studija u Ahituvovom laboratoriju je kako genetske varijacije utječu na naš odgovor na lijekove. Nedavno je njegov laboratorij utvrdio da rifampin, uobičajeni antibiotik propisan za tuberkulozu i druge infekcije, može uzrokovati značajne promjene u ekspresiji gena i regulatornog elementa u ljudskim jetrenim stanicama.

"Dok smo radili ovaj eksperiment, razmišljala sam: stanicama antibioticima stalno obrađujemo stanice kulture stanica i nitko nije pogledao kako to može utjecati na ekspresiju gena i regulaciju gena", rekao je Ahituv.

On i diplomirani student, Ann Hane Ryu, prvi autor studije, osmislili su jednostavan eksperiment u kojem su uspoređivali humanu stanicu jetrenih stanica, HepG2, uzgojenu sa i bez standardnog antibiotskog koktela, PenStrep, kombinacijom penicilina i streptomicina. Oni su odabrali stanice jetre jer jetra pomaže jasnim stranim materijalima iz tijela i da bi bila najprikladnija za lijekove, rekao je Ahituv.

Dopuštaju da stanice rastu tri tjedna, te ih analiziraju kako bi identificirale promjene u kodiranju i kodiranja koja nije kodirana.

Pronašli su promijenjenu ekspresiju u 209 gena, osobito u onima koji se odnose na lijek i odgovor na stres. To uključuje veću ekspresiju gena za koje se zna da su uključeni u apoptozu i neusklađen odgovor proteina.

Od posebne je zabrinutosti, rekao je Ahituv, da je nekoliko od navedenih gena transkripcijski čimbenik, koji zauzvrat može kontrolirati ekspresiju mnogih drugih gena.

Također su otkrili promjene u više od 9.500 genskih regulacijskih elemenata, dio 98 posto našeg genoma koji nije kodiranje. Ovi regulatorni elementi bili su locirani blizu gena uključenih u diferencijaciju stanica, aktivnosti nukleaze i tRNA modifikacije.

Sustavno promatrajte učinke antibiotika

Ahituv vjeruje da je ovo prva studija koja sustavno gleda na učinak antibiotika na staničnu kulturu koristeći genomske alate. Istraživači su prije postavili zabrinutosti, rekli su Ahituv, "ali to smatraju više problemom troškova i koristi, više su zabrinuti zbog onečišćenja nego što to ima učinak na njihov eksperiment".

Nada se da će studija poslužiti kao upozorenje za druge istraživače da uzmu u obzir učinak antibiotika, a možda čak i ispituju ostale varijable u laboratoriju - poput rastućih medija i temperature kapulja - koje bi nenamjerno utjecale na eksperiment.

Istodobno, Ahituv ne zavarava nove nalaze. Rekao je da je promjene u ekspresiji 209 gena, od nekih 20.000 gena u cijelom genomu, relativno mali učinak.

"Dakle, 209 nije veliki broj, ali mislim da je važno znati identitet tih gena i znati što rade", rekao je. "Ako napravite studiju, na primjer, a vi vidite određeni genski izraz vrlo izražen, to se ne bi moglo odnositi na studiju, ali zato što ste liječeni antibioticima."

On bi preporučio da istraživači koji proučavaju odgovor na lijek izbjegavaju uporabu antibiotika i umjesto toga poduzimaju druge mjere predostrožnosti protiv kontaminacije. "Definitivno, za nas, na temelju tih rezultata, od sada, ako ne trebamo koristiti antibiotike, nećemo koristiti antibiotike."

menu
menu